器官移植基因配型的意義是經過配型以後，把HLA類基因相近的病人即供體和受體之間進行器官移植，做完手術以後能明顯減少術後的免疫排斥反應，也可大大提高移植器官的長期存活率。
器官移植手術成功關鍵是手術前的基因配型，理論上只有同卵雙生的病人進行器官移植沒有排斥反應，除此以外都面臨著非常嚴峻的免疫排斥反應。所以在手術之前一定要進行器官移植基因配型，即HLA類基因配型，也稱為人類白細胞抗原基因配型。