甲狀腺囊腫是不能自愈的，因為是含有液體的甲狀腺裡的病灶，自愈就是如果液體能夠自己消失，才能自愈，從臨床上來講，這種囊腫是不能自愈的。關於甲狀腺囊腫能不能治癒，肯定是可以治癒的，因為囊腫是良性疾病，本身對患者的安全也沒有威脅。囊腫只有在足夠大產生臨床症狀時，可以採取手術的辦法來解決。手術辦法可以分成兩種：
1、傳統的就是開放手術的辦法把囊腫切除；
2、微創辦法，即將囊液抽掉以後，做囊壁微波消融治療。
這兩種方法都可以達到甲狀腺囊腫治癒的目的，甲狀腺囊腫的治療，只有外科切除的手段才有效，通過藥物治療無法治癒的。外科切除就是要將含有囊腫的一側腺葉切除，或做大部切除，將囊腫從人體移除掉，這樣就可以治癒了。還有一種微創的辦法和美容的辦法，就是做甲狀腺囊腫的熱消融治療，把囊液抽掉，然後分泌囊液的囊壁，用熱消融的辦法燒死，不再產生囊液，因此甲狀腺囊腫也就治癒了。