甲狀腺囊腫是不可以預防的，因為目前甲狀腺囊腫的發病原因並不完全清楚。在不清楚原因的情況下，沒有辦法針對病因去預防，所以甲狀腺囊腫不可以預防。雖然不能預防，也不用擔心，因為甲狀腺囊腫本身危害並不大。
如果體積較小且未引起任何不適，可先不做干預。一般在臨床查體中發現幾毫米的囊腫，甚至1-2cm的囊腫，只要未引起任何不適均不干預。一般在囊腫超過3cm以後，可能引起外觀的變化、引起吞嚥不舒服、氣管壓迫後呼吸不舒服時才需要進行外科干預和處理。