先天性巨結腸通過手術能治療好，先天性巨結腸主要是由於基因遺傳或環境因素共同作用造成，手術一般可根治，但是也有可能會出現併發症。
先天性巨結腸常見於乙狀結腸、直腸，主要是由於受累腸管出現痙攣、狹窄，引起腸道蠕動功能障礙，導致腸內容物在腸道內堆積、無法排出，從而引起病變腸道嚴重擴張，最終形成巨結腸改變的一種病變。該疾病的治療方法以手術為主，手術原則主要為切除狹窄段或喪失正常功能的近端結腸，以保證術後達到正常的排便功能。
術後家長應保持患兒肛門清潔，便後可以使用清水或生理鹽水等清潔肛門，注意及時擦乾。另外需培養患兒定時排便習慣，每次排便儘量排空，如連續2天未排便，可遵醫囑使用開塞露通便。另外在日常生活中，應及時觀察患兒大便性質，防止腹瀉。