惡性胃腸道間質瘤治癒的可能性相對比較小，但是通過服用靶向藥可以讓病情得到較好的控制。

惡性胃腸道間質瘤，一般指的是復發轉移胃腸道間質瘤，還有部分初始腫瘤比較大，不可切除或者潛在可切除的胃腸道間質瘤。中危和高危的胃腸道間質瘤有轉移復發的可能，危險度越高，越容易轉移、復發。隨著腫瘤的不斷耐藥以及復發，患者的身體狀況一般也會越來越差。所以惡性胃腸道間質瘤治癒的可能性相對比較小。

這部分患者需要服用靶向藥物治療，包括伊馬替尼、舒尼替尼、瑞戈非尼、瑞派替尼等。從目前的治療效果來看，這些靶向藥的效果相對較好，復發轉移或無法手術治療的患者的中位生存時間，已經從一年半提高到了5年以上，甚至20%的患者可以生存超過10年，處於帶瘤生存的狀態。