胃腸道間質瘤的手術指徵，通常的評估標準是以2cm作為評估的界限，也就是患者如果發現胃腸道間質瘤在2cm以上，沒有明顯的遠處轉移，能夠切除乾淨的情況下，要選擇手術治療，主要分析如下：

1、胃底、大彎側及前壁的外生型胃腸道間質瘤：可以採取楔形切除，或者是胃部分切除術；

2、胃底、大彎側以及前壁的內生型胃腸道間質瘤：可以採取胃漿肌層切開GIST切除術，或者是胃部分切除術；

3、胃小彎側的GIST：可以採取胃壁全層切開的胃腸道間質瘤切除術，以及胃部分切除術；

4、外生型、黏膜面無潰瘍的胃腸道間質瘤：包括一些特殊部位的，比如位於食管胃結合部或者是幽門的胃腸道間質瘤，可以採取保留黏膜的胃GIST切除術，或者是胃部分切除術；

5、位於2-5cm無危險因素的胃腸道間質瘤：手術完整切除術能夠達到治癒的狀態，約85%的原發腫瘤患者，有可能會被完整切除。