胃腸道間質瘤的危險因素，指的是導致胃腸道間質瘤危險或者是變嚴重的因素。腫瘤的發生常常是內因、外因共同長期作用的結果，如長期吸菸，一天一包煙，20-30年可能會導致肺癌的發生，乙肝病毒的感染容易導致肝炎、肝硬化，甚至肝癌的發生。胃腸道間質瘤的外部危險因素尚不是完全明確，飲食、環境和遺傳因素等都有一定的關係，但是關聯性都比較弱。

但是也有例外情況的發生。一是”家族性胃腸道間質瘤“，但是罹患”家族性胃腸道間質瘤“的概率非常低；二是某些遺傳性疾病，比如神經纖維瘤病Ⅰ型，可能會增加患胃腸道間質瘤的相關風險。

胃腸道間質瘤的內因即內部危險因素，就是基因突變，幾乎90%的胃腸道間質瘤患者都存在C-KIT和PDGFRα基因突變，這兩類基因突變會導致細胞的異常增生，但是非常遺憾，胃腸道間質瘤沒有自己明確的腫瘤標誌物，所以通過腫瘤標誌物的檢測，來監測或者診斷胃腸道間質瘤是不現實的。所以胃腸道間質瘤的預防工作，比較難以進行相應的開展。