胃間質瘤基因突變導致患者罹患疾病，如果胃間質瘤比較小，一般不會產生特殊的症狀，也沒有不適、噁心、嘔吐的症狀，但沒有及時發現，及時干預治療，可能導致腫瘤逐漸增大，進而產生症狀。腫瘤較大時可能會引起腹痛、腹部腫塊、噁心、嘔吐等症狀，但這些症狀很多消化道疾病都有，並不是胃間質瘤所特有，因此很容易被患者忽視。如果沒有給予重視，不進行檢查及規範的治療，可能導致胃間質瘤向其他部位轉移，進而影響患者的生命週期及生活質量。

如果胃間質瘤基因突變引起上述嚴重後果，可以選擇手術治療及靶向藥物治療，醫生會根據具體情況進行綜合評估。對於可切除的胃間質瘤，一般首選手術切除治療，對於不可切除的胃間質瘤，可先使用靶向藥物治療使腫瘤縮小，然後再進行手術切除。當患者出現不適症狀時，應立刻到醫院就診，早發現、早治療。