胃腸道間質瘤靶向藥物的副作用因人而異，有些副作用可以控制，但嚴重的副作用或不良反應可能使患者不耐受，可能導致治療中斷，甚至危及生命。噁心、嘔吐通常是最為常見的副作用，有研究顯示，伊馬替尼治療胃腸道間質瘤期間，患者噁心的發生率達到了52.4%，嘔吐的發生率達到12.9%，服用二線或者三線的藥物舒尼替尼、瑞戈非尼，同樣可能會有噁心、嘔吐的症狀。

如果是一個1-2級的噁心、嘔吐，即相對比較輕的噁心、嘔吐，通常副作用不大，患者可能會有食慾降低、飯量減少、體重下降不明顯等症狀，但不必特別擔心，注意調整飲食結構，吃清淡、易消化的食物，避免進食甜和油膩的食物。當患者出現3-4級的噁心、嘔吐，此時副作用相對比較大，患者可能會出現進食量的明顯減小，體重下降超過20%，患者應在醫生指導下對靶向藥物進行減量或者是停藥，不良反應減輕後再恢復靶向藥物的治療。

另一個常見的副作用是腹瀉，在服用伊馬替尼、舒尼替尼或者瑞戈非尼期間，都可能伴隨腹瀉的發生。如果排便次數比之前增加了7次以上，就表示出現了2-4級的腹瀉，此時副作用相對比較大，應該立即停藥，並且遵照醫囑調節腸道菌群，進行止瀉的治療，同時避免進食生冷、辛辣刺激和過於油膩的食物。靶向藥物的不良反應還包括皮疹、乏力、手足綜合徵等，結合具體情況，由醫生面診以後再確定處理的方法。