惡性胃腸道間質瘤部分能治好，部分可以通過靶向藥物的控制達到較好的治療效果。惡性胃腸道間質瘤一般指的是復發轉移的胃腸道間質瘤，部分初始腫瘤比較大，不可以切除，或潛在可切除的腫瘤，手術切除的原發性胃腸道間質瘤有可能被治好，總體複發率大概在30%。

酪氨酸激酶抑制劑，即伊馬替尼、舒尼替尼、瑞戈非尼、瑞派替尼，這些藥物對於不可切除和術後復發轉移的晚期胃腸道間質瘤控制率較高，這部分患者很難被治好，但可以通過靶向藥物控制。除了靶向藥物綜合治療之外，還需要長期堅持隨訪。

近十幾年來隨著醫學的進步，極大改善了胃腸道間質瘤的治療現狀，胃腸道間質瘤也逐步進入慢性病範疇，即便是惡性腫瘤，總體的治療效果也比晚期的胃癌，或者結直腸癌要好得多，積極樂觀的心態賦予戰勝病魔的力量，有助於改善患者的生活質量，甚至有機會達到像正常人一樣生活。