胃腸神經官能症的診斷要比較慎重，主要是排除胃腸道器質性疾病，通過胃鏡、腸鏡檢查沒有發現器質性疾病，可以診斷為胃腸神經官能症。胃腸神經官能症屬於功能性胃腸病，可以從以下方面進行治療：

1、調節情緒，進行必要的心理疏導，讓患者保持愉悅心情，避免緊張、焦慮；

2、必要時使用抗焦慮、抗抑鬱藥物；

3、根據每個人的不同情況、不同消化道症狀，考慮使用相關藥物，如腹痛患者可以選擇抑酸藥，俗稱PPI製劑。如果有腹脹，可以選擇促胃腸動力藥。伴隨消化不良患者可以用助消化藥，少部分患者與幽門螺桿菌相關，根除幽門螺桿菌以後可以改善症狀。