胃腸間質瘤預後與其分型、大小、侵襲性等密切相關，胃腸間質瘤是胃腸道常見的間質來源腫瘤，屬於交界性腫瘤，所謂交界性，即介於良性和惡性之間。間質瘤可分為低危、中危、高危，對於低危和中危情況，手術切除乾淨後通常可以治癒。

對於高危情況，由於腫瘤較大，核分裂象比較多，展現出了一定侵襲性生長的生物學行為，因此預後比較差。此時需儘早處理，儘可能進行根治切除，如果是高危因素，還需口服1-3年，甚至更長時間的格列衛，以預防和減少胃腸間質瘤復發。