目前根據國內外的臨床觀察及研究試驗，發現中高危的患者術後復發風險很高，因此需要藥物治療。胃腸間質瘤手術以後，即R0切除以後已經把間質瘤切乾淨，但是胃腸間質瘤根據腫瘤的危險度分級，分成極低危、低危、中危和高危。目前來說中高危的胃腸間質瘤術後復發的可能性非常大，如果是高危，幾乎百分之百復發。

目前常用的藥物是伊馬替尼，伊馬替尼對於絕大多數胃腸間質瘤的治療都有效。因此中高危患者通過術後輔助藥物治療，可以降低復發風險。所以手術即使是R0切除，對於中高危的患者，還需要藥物進一步治療。