惡性腫瘤主要有兩種來源，一種來源於上皮組織，一種來源於間葉組織。胃腸道間質瘤為來源於間葉組織的一種腫瘤，有一定的惡性傾向。目前認為胃腸道間質瘤是一種惡性腫瘤，根據腫瘤的大小、和分裂象的不同，其惡性程度不同，分為極低危、低危、中危、高危的胃腸道間質瘤。胃腸道間質瘤可見於整個胃腸道，其中胃間質瘤較多見。