腸道間質瘤可以導致患者胃或者小腸產生病變，早期無明顯症狀，隨著腫瘤體積增長可導致患者出現相關臨床表現。患者腸道可因間質瘤壓迫而出現梗阻，侵及腸黏膜後可在黏膜表面形成潰瘍合併出血。

部分胃間質瘤患者可以出現輕微潰瘍、出血。若患者腸道間質瘤體積增長至3cm以上，可出現惡變，因此患者應積極進行早期治療。