胃間質瘤往往表現為黏膜外病變、黏膜外腫塊。如果黏膜沒有受累，黏膜往往光滑。在胃鏡上可以看到黏膜外向胃腔內隆起性包塊；而通過CT可以看到胃壁上明顯腫塊，並且有明顯強化，屬於胃間質瘤與胃癌十分重要的區別。

如果術前進行胃鏡檢查，則可以取到病理，能夠判斷到底是胃癌還是胃間質瘤；在術前還可以通過超聲內鏡下明確病變大小、判斷性質，必要的時候可以在超聲內鏡引導下進行穿刺，從而明確診斷。