對於絕大多數的兒童而言，手足口病的疫苗接種在兒童5週歲之前最為合適，因為兒童5週歲之前免疫功能往往沒有發育完善，很容易感染腸道病毒，比如兒童感染了柯薩奇病毒或者EV71病毒以後就會造成手足口病的發生，兒童發生手足口病以後就會引起手、足、口以及臀部的皰疹。

尤其是兒童患有腸道EV71病毒以後會引起兒童出現重症的手足口病，甚至會引起兒童出現心肌炎、腦炎等，這個時候最好給兒童接種針對腸道EV71病毒的手足口病疫苗。