手足口病是由腸道病毒感染引起的，目前沒有特效的抗病毒藥物和特異性的治療手段，主要是對症治療，可以適當的使用利巴韋林、蒲地藍消炎口服液等藥物抗病毒治療。也可以在皮疹處塗抹蒙脫石散，防止破潰。可以用含漱康復新液的辦法，促進口腔的皰疹癒合。

如果患兒疼痛明顯，可以把鹽酸利多卡因稀釋後噴到口腔裡，減輕疼痛。如果高熱，需要口服退熱藥，常用的退熱藥有布洛芬混懸液和對乙酰氨基酚混懸滴劑，如果是重症病例，有抽搐表現，還需要給予甘露醇降顱壓，咪達唑侖或者地西泮防止驚厥抽搐，應該適當的靜注免疫球蛋白等等治療。