新生兒肺炎的症狀臨床上多不典型，在初期可以表現為低熱，甚至可以出現不發熱。另外，咳嗽症狀並不是特別的明顯，在臨床上以口吐泡沫為主要的表現。嚴重的患兒打開衣服暴露之後，可以見他的肋間隙凹陷，鼻翼扇動、鎖骨上窩的凹陷。

部分患兒可以出現昏迷、嗜睡，甚至可以出現煩躁、哭鬧、驚厥、抽搐。如果新生兒發生感染，其免疫功能相對比較差，病變的侷限能力也比較差，對於重症感染，臨床上也可以出現敗血症，甚至化膿性腦膜炎這些改變等。