根據新生兒肺炎的分類，分為吸入性肺炎和感染性肺炎，所以病因也是不同的：

1、吸入性肺炎：多因吸入胎糞、羊水、乳汁引起來，也可以因為患兒自身吞嚥反射不成熟，吞嚥動作不協調，食管反流以及唇顎裂這些因素引起的乳汁或分泌物吸入而引起；

2、感染性肺炎的病因：多數因為宮內感染、產時或者產後的感染所致。其中，宮內感染性肺炎多為母親孕期受鉅細胞病毒、單純皰疹病毒、風疹病毒以及細菌、支原體、衣原體等引起的感染。嚴重的感染多與產科因素有關，如胎膜早破，胎兒分娩過程中吸入產道汙染的羊水分泌物。出生後感染性肺炎多因呼吸道感染、血行傳播感染、醫源性傳播感染以及護理不當、受涼所引起的。