新生兒肺炎在初期，表現為低熱，甚至不發燒。咳嗽症狀並不明顯，多以吐沫為主。嚴重的患兒出現三凹徵，即鼻煽、鎖骨上窩、脅部三個凹陷。或者昏迷、嗜睡，煩躁、哭鬧，更嚴重的病例表現驚厥、抽搐。如患兒發生重症感染，也可出現敗血症，甚至化膿性腦炎。