通常情況下，喝痛經寶顆粒如果在其適應證範圍內，基本便沒有明顯副作用。喝痛經寶顆粒出現不良反應，多數是患者在選擇藥物時出現偏差所致。由於痛經寶顆粒的主要作用是溫經散寒、祛瘀止痛，因此臨床適合於寒瘀兼有的痛經，即患者除痛經外，還常伴有小腹冷痛、月經顏色深，以及出現大量瘀血塊等症狀。

部分患者如果本身月經量特別多，月經期喝痛經寶顆粒，便可能會由於藥物中的活血成分，導致月經量出現進一步增多，甚至月經淋漓不盡等不良反應。另外，如果患者並不屬於寒瘀兼有的痛經，反而是血熱造成的痛經，如果喝痛經寶顆粒，反而可能會加重其血熱症狀。