新生兒呼吸窘迫綜合徵在臨床上有很多的併發症。新生兒呼吸窘迫綜合徵是肺泡表面活性物質缺乏所導致的，一般是早產兒，尤其是小於32周的早產兒、患有糖尿病的母親還沒有發動產程就進行剖宮產的嬰兒、出生有窒息的嬰兒容易發生該病。患兒患有呼吸窘迫綜合徵的時候，需採用呼吸機進行輔助治療。新生兒呼吸窘迫綜合徵常見的併發症主要為多臟器功能不全，如肝、腎、胰腺、腦部功能的損傷。若病情發展到後期，患兒可能會出現支氣管肺發育不良、肺纖維化脫機困難，即使經治療後順利脫機，部分患兒仍可能出現肺功能的異常，如潮氣量、肺活量及肺容量等較正常人明顯減低。