中藥灌腸可以輔助治療卵巢囊腫，且對於炎症性的卵巢囊腫治療效果會更好。卵巢囊腫是臨床上一種常見的婦科疾病，卵巢囊腫中有部分患者單純是炎症性，通過口服活血化瘀、清熱解毒的中藥，同時配合中藥灌腸的辦法，可以較好地改善患者的白帶增多、小腹墜脹等不適。

如果患者囊腫體積較小，中藥的治療效果可能會比較明顯，通過中藥灌腸、中藥口服等治療之後，囊腫可能縮小，甚至消除。但對於卵巢囊腫中的巧克力囊腫，由於其是子宮內膜異位症的一種表現，因此中藥灌腸的辦法只能夠幫助巧克力囊腫患者減輕痛經，但對於縮小或消除巧克力囊腫，無論是口服中藥，還是中藥灌腸，可能都沒有辦法達到滿意的療效。