卵巢囊腫和巧克力囊腫是兩種疾病，卵巢囊腫可能是生理性或病理性，生理性囊腫一般是在月經週期中出現的現象，並非新生腫物，一般2-3個月後會自行消退。卵巢囊腫是新生腫瘤，大部分屬於良性，只有個別情況為惡性，一般良性囊腫問題不大，若為惡性囊性變，則存在一定問題。

巧克力囊腫又稱為卵巢子宮內膜異位囊腫，並非新生腫瘤，是子宮內膜異位到卵巢上，隨週期性子宮內膜剝脫，在卵巢上逐漸形成囊性腫塊。主要是因有週期性出血，出血顏色逐漸加深，形成巧克力樣。一般不嚴重，但巧克力囊腫較易復發。