卵巢囊腫使用陰超能夠檢查出來，而且對於卵巢囊腫而言，B超更容易查出。因為囊腫囊內是液性暗區，與周圍的組織器官能夠形成鮮明的對比，所以在超聲的識別上更為容易。

陰道超聲比腹部超聲主要的優點，是對部分小病灶更敏感，即陰道超聲更易發現小的病灶，所以目前臨床上基本上都是做陰道超聲。同時患者進行陰道超聲不需要憋尿，不必到門診以後等待較長時間。但是陰道超聲的缺點，是不能在月經期間進行，因為在月經期間有出血的情況下，做陰道超聲較易出現感染。