巧克力囊腫主要應根據大小，選擇治療方法。若是較大的巧克力囊腫，需進行手術治療。若巧克力囊腫較小，如2-3cm，可以暫時觀察、無需手術。通常巧克力囊腫若無其他症狀，無需進行藥物治療，觀察即可。對於較小的巧克力囊腫，不建議進行手術，增大後可以考慮手術治療。

巧克力囊腫的特點，即子宮內膜異位的特點，就是容易復發。做完手術後，部分患者可能在較短時間內，如1-2年內復發，甚至不到1年又會出現新問題。在臨床上，復發問題的處理較為棘手。因此對於較小的巧克力囊腫，通常不考慮進行手術治療。若囊腫較大應首選手術治療，儘管術後可能復發，但也需進行手術。術後可以再繼續使用藥物，預防復發或延緩復發。