卵巢囊腫剝除術若不出現併發症，通常對身體並無太大危害。若出現併發症，則可能對身體造成傷害，卵巢囊腫手術可能出現相應的併發症，如出血，出血較多時對身體存在一定的影響。

在操作過程中也可能損傷到其他臟器，如出現腸管損傷、膀胱損傷，甚至尿管損傷等，均會對身體造成一定傷害，但在卵巢囊腫剝除術中出現的幾率較低。在卵巢囊腫剝除時，容易忽視卵巢本身的傷害，由於囊腫剝除後，留下的卵巢創面容易滲血。有時醫生不注意，會使用電凝的方法進行止血，但電凝對卵巢本身也會存在傷害，會使卵巢功能出現異常。