卵巢囊腫手術後可能會復發，但這種病例非常少見，在臨床上絕大部分囊腫在手術後都不會復發。但部分類型的卵巢腫瘤容易復發，如臨床上容易出現雙側畸胎瘤，也就是兩側卵巢同時發現畸胎瘤，畸胎瘤術後容易復發。

子宮內膜異位囊腫也容易復發，又叫做巧克力囊腫，巧克力囊腫並不是新生腫瘤。子宮內膜異位在卵巢上，隨著月經週期的改變，子宮內膜也會出血，但出血不能排出來，聚集在卵巢形成囊性改變稱為巧克力囊腫，巧克力囊腫手術後很容易復發。