良性卵巢囊腫可能會復發，而是否會復發，主要和病理類型、手術方式有關，而且卵巢巧克力囊腫的復發幾率較大。如果年輕患者出現卵巢巧克力囊腫，僅做囊腫剝除保留卵巢，則2/3的患者會出現復發。如果患者術後進行藥物輔助治療，可以降低術後的複發率、推遲復發時間。

如果患者存在卵巢畸胎瘤或單純性囊腫，則復發概率降低，但不具有絕對性。若是絕經後或接近絕經年齡的患者出現良性卵巢囊腫，進行一側或雙側附件切除，通常在術後不會復發。因此，良性卵巢囊腫是否會復發，主要取決於囊腫的病理類型以及保留卵巢的情況綜合判斷。