消化不良原因較多，主要和新生兒體質、新生兒患病、新生兒乳品有關。因此處理消化不良時，需要針對不同情況進行不同處理。一般對消化不良處理包括腹部按摩或推拿等手法治療，也可以服用健脾胃藥物或益生菌幫助消化。當然，有時要調節母親飲食結構幫助緩解消化不良症狀，可能還需要更換乳品。

新生兒消化不良症狀較多，包括嘔吐、食慾下降、進食量少、腹脹、大便量減少、大便量增多、便秘等，均屬於消化不良徵象。民間還認為大便性狀發生變化，如大便裡出現顆粒狀物體或者所謂奶瓣，其均為消化不良的症狀。