一般生理性卵巢囊腫不影響懷孕，小於5cm的囊腫可以在整個懷孕期間進行隨訪。如果卵巢囊腫比較大，大於5cm的卵巢囊腫，先手術治療過後，病人再懷孕。如果是病性卵巢囊腫，囊腫超過5cm，有可能先手術過後，再試著懷孕。

當然在整個懷孕期間，如果卵巢囊腫沒有繼續增大，也沒有破裂，或生長迅速，不影響病人懷孕。如果在懷孕期間發現卵巢囊腫生長迅速，迅速長大，或有可疑破裂、腹痛的症狀，有可能會在懷孕期間進行手術治療。在懷孕5-6個月做卵巢囊腫手術對整個懷孕無影響，不會導致流產發生。