懷孕6周有卵巢囊腫的處理措施，需要根據具體的性質決定，具體如下：

1、如果無回聲、直徑<5cm，有可能是妊娠引起的生理性囊腫，如黃體囊腫、黃素化囊腫等。隨著妊娠進展及結束，囊腫就會消失；

2、如果妊娠前已經存在囊腫，而且已經持續一段時間，如畸胎瘤等。如果確需手術，建議在妊娠3個月左右手術。如果在妊娠早期手術，容易發生流產，在妊娠晚期手術會由於暴露不易，手術困難程度增加；

3、如果囊腫性質不確定，必要時還需查腫瘤標誌物，如果高度懷疑惡性，就需要以母親為主，終止妊娠後及早進行卵巢腫瘤手術，確保母親安全。