卵巢囊腫手術可分為開腹手術和腹腔鏡手術，後者屬於微創手術且疼痛程度較輕，患者通常可以耐受，而開腹手術相對而言疼痛較重。目前臨床多見於腹腔鏡手術，即便惡性腫瘤也可應用腹腔鏡治療，術中僅需在患者腹部留下數個小手術孔，且最大直徑僅為1cm有餘。術後患者可能出現腹部輕微疼痛感，但並不嚴重通常可以忍受。

此外，腹腔鏡手術需在患者腹腔內注射二氧化碳氣體使腹腔膨隆，術後患者可能會出現腹脹感，由於腹腔中氣體刺激腹腔神經也可能產生症狀，如刺激膈神經後可能出現肩部疼痛和不適，但均在患者承受範圍。對於開腹手術如開腹行卵巢囊腫手術而言，由於創口較大導致患者腹部傷口癒合需較長時間，因此疼痛感相較於腹腔鏡更為嚴重。但目前術後患者可應用止疼泵，明顯減輕疼痛症狀。