卵巢囊腫術後可能會復發，部分卵巢囊腫復發的可能性較大，比如子宮內膜移位囊腫，即巧克力囊腫，和卵巢黏液性囊腫，上述兩類囊腫很容易復發。巧克力囊腫術後，會採取預防復發措施，黏液性囊腫術後沒有特殊的預防措施。

部分囊腫相對容易復發，比如漿液性囊腫或者畸胎瘤等，手術之後可能會再長，非原部位的復發，有再長的可能性。其它囊腫，比如輸卵管部位的細膜囊腫，即卵巢冠囊中，術後有可能會復發。卵巢保存下來，有可能再長囊腫，但只有在原部位同一類型的囊腫再長出來，才能夠稱作復發。