良性卵巢囊腫有時也會導致CA12-5升高，CA12-5升高不能作為鑑別良惡性的主要指標。CA12-5非常敏感，無論良性腫瘤還是惡性腫瘤，甚至感冒、發燒都有可能導致CA12-5升高。

CA12-5在臨床上更重要的作用是作為隨診觀察指標，如果已經確診為惡性腫瘤，如手術後病理診斷為惡性腫瘤，CA12-5可以作為較好的隨診觀察指標。而在隨診過程中，CA12-5逐漸下降屬於較好的現象。而如果CA12-5逐漸升高，常常是腫瘤存在復發的跡象，需要進一步行PET-CT或者其他影像學檢查，從而明確是否有復發結節，並且給予相應特異性治療。