懷孕有可能引起卵巢囊腫，因為在懷孕早期，體內分泌大量孕激素、雌激素等。激素會作用於卵巢組織，而導致黃素化囊腫，即卵巢有囊腫生長。黃素化囊腫通常屬於生理性，在懷孕3個月以後體內激素趨於平穩，囊腫會自行消退。極少數卵巢囊腫，稱為黃體化囊腫或黃素化囊腫，有可能過於增大以後發生扭轉等，可能需要手術，通常無需進行任何干預。

有些特殊病人進行試管嬰兒或輔助生殖技術，使用大量激素以後，使卵巢過度增大，而導致卵巢過激的情況，卵巢類似於囊腫，但是對於懷孕沒有影響。因此在懷孕期間，卵巢變化屬於囊性，在早孕期發生，在懷孕中期會消失，沒有影響。如果是實質性囊腫，則需要排除有無卵巢癌的風險。