絕經後的卵巢囊腫不一定都為惡性，但是絕經後出現的囊腫惡變率會比絕經前高。絕經後仍然有大部分的囊腫是良性，因為在絕經以後卵巢組織雖然萎縮，但部分的腫瘤組織仍然未停止生長，會產生卵巢囊腫，但是腫瘤組織不一定均為惡性。所以絕經後如果出現卵巢囊腫，通常建議積極手術。因為絕經後出現的囊腫惡變率比較高，且通常不會自行消退。

由於大部分的囊腫都是良性，這時做普通的附件切除或者子宮加雙附件切除可以解決。如果要判斷囊腫是否惡性，除了超聲、核磁檢查等影像學檢查，同時也要做腫瘤標誌物的檢查。通過核磁加腫瘤標誌物檢查，80%-90%的患者可以確定腫物的良、惡性，不必過度緊張。