新生兒巨結腸治療主要是有保守治療與手術治療兩種方式，一般手術治療在生後半歲左右做效果最好，孩子耐受力最好。但如果巨結腸症狀比較嚴重，腹脹厲害，嚴重影響孩子生長發育，而且通過灌腸、擴肛等保守治療效果差，則需要儘早手術治療。

保守治療主要指通過加強護理，定時溫鹽水清潔灌腸，促進寶寶排便達到目的。部分寶寶需要同時配合每日擴肛治療，可以直接進行根治性手術。但還有部分寶寶腹脹比較厲害，可能需要先進行結腸造瘻術，待年齡到半歲以上，手術耐受力比較好時，再進行根治性手術治療。