新生兒敗血症病因較多，有些由呼吸道疾病造成，有些由消化系統疾病造成，甚至由很小的皮膚創口引起。因為兒童非常嬌嫩，對外界細菌或病菌侵入沒有免疫力、沒有抵抗能力，造成細菌有機可乘。

細菌通過破損皮膚或嬌弱的胃腸道、呼吸道黏膜侵入到血液裡，在血液裡繁殖。細菌在血液裡繁殖也可在各個系統裡流向各個器官，比如進入大腦引起腦炎症狀，故敗血症可引起腦炎等嚴重併發症。所以家長們要注意，如果有破損皮膚要及時消毒，有呼吸道或消化道疾病要及時就診，不要延誤病情，導致敗血症發生。