新生兒敗血症與引起敗血症的病原菌有關，較危重如金葡菌敗血症，耐藥性金黃色葡萄球菌可能會因為治療不及時出現死亡。但多數孩子的敗血症，及時進行血培養，發現病症，找到敏感菌，多數孩子轉歸應該都非常好。不同的敗血症菌如果能夠進行及時治療，多數轉歸都非常好。只有個別的危重型病人或發現比較延遲的，沒有敏感菌而且有全身其疾病時，可能因為敗血症出現死亡情況。這不是固定的時間，併發感染性休克或其他情況之後才會出現死亡。