新生兒敗血症的併發症，最常見的是化膿性腦膜炎。這種孩子在診斷敗血病的時候，一定要做腰穿，看腦脊液有沒有被細菌感染，主要表現為白細胞有沒有增高、蛋白有沒有增高、糖有沒有下降，如果這些都有異常的情況下，要考慮存在化膿性腦膜炎。化膿性腦膜炎做治療的時候，抗生素可以選用透過血腦屏障的藥物，而且劑量往往在敗血症的治療時候要加量，加一倍的劑量進行治療；新生兒敗血症可能併發有肺部炎症，如果有呼吸功能障礙的時候，一定要給予呼吸支持。早期可能是氧療，其次給予無創呼吸機或者氣管插管有創呼吸機給予呼吸支持；新生兒敗血症可以併發骨髓炎症，如果併發骨髓炎，可能需要外科給進行會診處理；在新生兒敗血症可以併發腎盂腎炎改變，可能要對尿液進行檢查，尿液裡面能不能找到膿細胞，或者有沒有導致腎功能損傷的情況。