脊索瘤的患者一般情況下最終死因有兩個：

第一、隨著脊索瘤不斷的增大，從而壓迫周圍組織，尤其是如果壓迫到腦幹，則會逐漸形成意識障礙，從嗜睡到昏睡、昏迷，更加嚴重的可能會造成呼吸和循環功能障礙，就會造成患者的死亡，這是死亡最主要的原因，是因為脊索瘤不斷生長、壓迫所導致。

第二、脊索瘤會侵蝕顱骨，有可能造成鼻咽腔等等部分的損傷，造成腦脊液鼻漏或者咽喉壁的腦脊液漏，有可能會產生逆行性的感染，造成脊索瘤的死亡。還有其他的方面因素，包括長期的不治療，造成內分泌功能紊亂，不斷吸收正常的養分，從而造成身體的消瘦，進食不佳也可能減輕患者體重等等一系列的因素。