正常形態精子百分率小於4%就可以診斷為畸形精子症。精子畸形率能達到99%，說明精子的形態畸形率偏高，正常受孕的機會明顯地減少。引起畸形精子的原因在臨床上有很多，有先天性的因素，也有後天的因素。

1、考慮的是不良的生活習慣，如吸菸、飲酒，香菸中的尼古丁以及白酒中的酒精都可以造成精子的畸形。

2、環境因素，睪丸長期處於一個高溫的環境，如泡溫水澡、久坐等。工作和生活中接觸的環境有輻射和汙染的情況或過多接觸化學原料。

3、疾病因素，如在臨床上最常見的附睪炎、嚴重的慢性前列腺炎以及嚴重的精索靜脈曲張，都可以導致睪丸損傷出現精子畸形。

4、臨床上特殊的病，服用特殊的藥物，都可以造成精子畸形，如抗癌藥。

5、有些患者是先天的染色體變異。

當精子畸形率能達到99%，一定要根據患者的實際情況確定病因，針對病因有一個具體的治療。