少數克羅恩病患者即使進行手術治療，也有復發可能。克羅恩病是一種腸道自身免疫性疾病，可以累及到整個消化道。此外，克羅恩病還是一種腸道的全層炎，從裡面的黏膜層到外面的漿膜層均有可能受累，故可能出現腸瘻、腸狹窄等問題。

在藥物治療困難的情況下，必要時會採取手術治療，切除病變部位，在未切除的腸段可能會出現復發問題。因此在手術治療之後，患者仍需回到內科進行進一步的系統治療，包括活動期的治療以及緩解期的維持治療，內科醫生會密切監測病情的發展。