克羅恩病主要症狀為腹痛、腹瀉和體重下降，可以累及全消化道，常見累及部位是小腸。患者通常會出現腹痛、腹瀉，極少數嚴重患者會出現便血。

由於小腸的主要功能是吸收，小腸出現病變時，必然會影響對營養物質的吸收，進而會出現營養不良，如兒科患者可能沒有腹痛、腹瀉的症狀，只表現為嚴重的營養不良。克羅恩病也常見於青年人，除表現為腹痛、腹瀉之外，還會有嚴重的進行性體重下降，與營養不良有關。另外，克羅恩病還可能會造成腸瘻，以及腸道由於纖維化導致狹窄，引起相應的腹膜炎或腸梗阻。