克羅恩病的確診非常複雜，需要通過臨床表現、組織病理學檢查、手術的病理檢查以及長時間的隨訪等，才能得以確診。其臨床表現為腹痛、腸梗阻、腹部包塊、瘻管、肛瘻、體重減輕、營養不良，以及腸外表現如皮損、關節炎等。在我國，腸結核發病率很高，和克羅恩病的臨床表現、組織學表現、臨床過程、手術等大體有非常相似之處，兩者的鑑別診斷一直困擾著醫生。

所以克羅恩病的確診往往需要很長時間，一旦確診，屬於終身性疾病。其治療和腸結核有相違、相對立之處，應謹慎對待，部分患者手術後數年仍無法確診。