診斷克羅恩病常常通過臨床表現、血生化及病理支持等方面進行確診，臨床表現通常有腹痛、腸梗阻、肛瘻、腹瀉、穿透性炎症等症狀；生化表現通常為血常規存在異常，C反應蛋白、肝腎功能、免疫全套、血沉等出現相關變化；影像學資料會通過胃鏡、腸鏡、小腸鏡、CT及B超等提示異常，在內鏡下表現為鋪路石樣改變；同時病理支持也是診斷克羅恩病的標準。

因此，診斷克羅恩病要結合以上資料進行確診。克羅恩病通常需要與腸結核、腫瘤等疾病相鑑別，可通過病理資料進一步支持診斷。