末端迴腸炎不等同於克羅恩病，較多疾病均可引起末端迴腸炎，如結締組織病的累積、菌群失調、急性腸炎、非特異性腸炎，或者合併感染等。行腸鏡檢查後提示末端迴腸炎，不一定提示克羅恩病，部分末端迴腸炎屬於克羅恩病早期表現，此時應動態觀察疾病的進展。一般醫生根據病人症狀可採取藥物治療，部分病人無需藥物治療，只需隨訪即可。如果隨訪過程中，末端迴腸炎已經完全恢復正常，則不考慮克羅恩病的可能。

少部分末端迴腸炎病人，疾病逐漸發展至出現腸道潰瘍、局部狹窄，或者肉芽腫等症狀，此時應考慮克羅恩病可能。診斷克羅恩病一般需要結合病理、小腸CTE檢查、膠囊內鏡，或者胃十二指腸是否存在病變，進行綜合分析。病人無需緊張，應在醫生指導下，充分休息以及放鬆心情。