生殖器皰疹臨床表現可分為原發性的生殖器皰疹、非原發性的初發的生殖器皰疹。生殖器皰疹有潛伏期，一般3-14天，可以表現為外生殖器或肛門周圍有群簇的或者散在的小水皰，2-4天后可以破潰形成糜爛或者潰瘍，會感覺到疼痛。腹股溝的淋巴結可能會有腫大，有壓痛。有些患者可能有發熱、頭痛、乏力的症狀，病程可以持續2-3周。

這是非原發的初發的生殖器皰疹的症狀，還有複發性的生殖器皰疹。原發的皰疹，皮膚破損消退以後，皮疹可以反覆的發作。複發性的生殖器皰疹較原來的原發性的皮損要輕，病程較短。皮疹前局部可能會有燒灼感，或有針刺感或感覺的異常，外生殖器和肛門周圍可以形成一些小水皰，很快可以進行糜爛，就是淺潰瘍，自覺症狀比較輕，病程可以持續1周以上。